1. Chuẩn bị vận hành:
- Đeo găng tay, khẩu trang, ủng cao su, kính bảo hộ.
- Kiểm tra tổng thể toàn bộ hệ thống 
- Kiểm tra nước giải nhiệt, bơm thêm vào nếu cần thiết.
- Kiểm tra pH của hệ thống xử lý khí thải, nếu pH của dung dịch hấp thụ thấp hơn 8, cần bổ 
sung thêm So đa và xút.

2. Khởi động và vận hành:
- Bật công tắt khởi động để vận hành hệ thống giải nhiệt và hệ thống xử lý khí thải.
- Bơm dầu thải đã được lắng lọc tự nhiên vào bồn tách cặn, nước, bật béc đốt, điều chỉnh nhiệt độ trong khoảng 100-1200C. Gia nhiệt trong khoảng 1-2h để tách nước và cặn.
- Bơm dầu đã tách cặn và nước vào bồn chưng chất bằng hệ thống bơm bánh răng, mỗi mẻ bơm khoảng 5 tấn dầu. Bật máy bơm nước của hệ thống ngưng tụ. Bật béc đốt, gia nhiệt từ đến 250-3200C. Thu hồi dầu bán thành phẩm tại ống xả với các phân đoạn nhiệt độ như sau:
+ Sản phẩm bay hơi trong khoảng 250-3000C: Dầu gốc nhẹ SN100.
+ Sản phẩm bay hơi trong khoảng 300-3200C: Dầu gốc nặng SN300.
- Bơm dầu bán thành phẩm vào thiết bị xử lý hóa lý, có thể thêm phụ gia tùy thuộc chất lượng dầu sau chưng cất. Sản phẩm sau xử lý hóa lý được bơm vào thùng phuy và đưa về lưu chứa tại kho.
- Bơm dầu thải mới và tiếp tục thực hiện các bước như trên. Mỗi mẽ chưng cất khoảng 6-8h.
- Để nâng cao hiệu quả chưng cất cần chuẩn bị lượng dầu thải để vận hành liên tục trong khoảng 3-4 ngày (liên tiếp 9-12 mẽ). Sau đó dừng máy làm vệ sinh và tháo cặn.
- Khi dừng để tháo cặn, cần làm nguội bồn chưng cất bằng quạt, khi nhiệt độ nồi giảm còn 100-1200C mới được phép xả cặn, mở nắp lớn, nhỏ để làm nguội nhanh nồi chưng cất. 
- Trong lúc tháo cặn và vệ sinh nồi chưng cất (khoảng 2-3 ngày), vận hành nồi chưng cất số 2 với các trình tự tương tự với nồi 1.

3. Kết thúc vận hành:
- Tắt nguồn điện, tắt tất cả các béc đốt. 
- Vệ sinh lau chùi máy và quét dọn sạch sẽ quanh khu vực.